Aus Mehl, Salz, Wasser und Öl einen glatten Teig kneten und abgedeckt beiseite stellen. Das geht am besten mit den Händen. Dabei eventuell noch etwas Mehl dazu geben, wenn der Teig zu klebrig ist.
Den Backofen auf 250° C Unterhitze vorheizen.
Magerquark mit Salz und Pfeffer würzen.
Rote Beete schälen und in dünne Scheiben schneiden. Kürbis waschen und in kleine Würfel schneiden. Zwiebeln schälen und in sehr dünne Scheiben schneiden.
Teig halbieren. Ein Teigstücke ausrollen, dann die Hälfte der Kürbiskerne darauf verteilen und nochmal dünner ausrollen. Teig auf ein Stück Backpapier legen. Mit der Hälfte des Magerquarks bestreichen. Mit den vorbereiteten Zutaten belegen und darauf Ziegenkäse und Thymian verteilen.
Jeden Flammkuchen einzeln im vorgeheizten Backofen ca. 10 Minuten backen.